Медицинский университет Вены подразделяется на 27 клиник и три клинических института. Из них 15 клиник и институтов дополнительно подразделяются на отделения. За исключением стоматологической клиники, все подразделения Медицинского университета Вены располагаются в здании центральной городской больницы — AKH.

Теоретико-педагогической деятельностью занимаются 8 центров и 5 департаментов. Разница в том, что департаменты, наряду с клиниками и институтами, представляют только один научный предмет, а центры созданы с целью объединения точек зрения специалистов из разных областей науки в конкретном вопросе.

Клиники

  • Университетская клиника внутренней медицины I
  • Университетская клиника внутренней медицины II
  • Университетская клиника внутренней медицины III
  • Университетская клиника хирургии
  • Университетская клиника гинекологии
  • Университетская клиника по заболеваниям уха, горла и носа
  • Университетская клиника анестезии, общей интенсивной медицины и болевой терапии
  • Университетская клиника психиатрии и психотерапии
  • Университетская клиника по детским и юношеским заболеваниям
  • Университетская клиника дерматологии
  • Университетская клиника радиологии и ядерной медицины
  • Университетская клиника радиотерапии
  • Университетская клиника травматологии
  • Университетская клиника ортопедии
  • Университетская клиника урологии
  • Университетская клиника нейрохирургии
  • Университетская клиника челюстно-лицевой хирургии
  • Университетская клиника экстренной медицины
  • Университетская клиника неврологии
  • Университетская клиника физиотерапии и реабилитации
  • Университетская клиника детской и юнешеской психиатрии
  • Университетская клиника психоанализа и психотерапии
  • Университетская клиника офтальмологии и оптометрии
  • Университетская клиника серологии и трансфузиологии
  • Университетская клиника больничной гигиены и по контролю за инфекциями
  • Университетская клиника клинической фармакологии
  • Университетская стоматологическая клиника им. Бернарда-Готтлиба

Клинические институты

  • Институт лабораторной медицины
  • Институт патологии
  • Институт неврологии

Центры

  • Центр анатомии и цитологии
  • Центр физиологии и фармакологии
  • Центр общественного здравоохранения
  • Центр изучения мозга
  • Центр  патобиохимии и генетики
  • Центр патофизиологии, инфектологии и иммунологии
  • Центр медицинской физики и биомедицинской техники
  • Центр медицинской статистики, информатики и интеллигентных систем

Департаменты

  • Департамент медицинской биохимии
  • Департамент судебной медицины
  • Департамент медицинского образования
  • Департамент биомедицинских исследований
  • Департамент вирусологии