Медицинский университет Вены подразделяется на 27 клиник и три клинических института. Из них 15 клиник и институтов дополнительно подразделяются на отделения. За исключением стоматологической клиники, все подразделения Медицинского университета Вены располагаются в здании центральной городской больницы — AKH.
Теоретико-педагогической деятельностью занимаются 8 центров и 5 департаментов. Разница в том, что департаменты, наряду с клиниками и институтами, представляют только один научный предмет, а центры созданы с целью объединения точек зрения специалистов из разных областей науки в конкретном вопросе.
Клиники
- Университетская клиника внутренней медицины I
- Университетская клиника внутренней медицины II
- Университетская клиника внутренней медицины III
- Университетская клиника хирургии
- Университетская клиника гинекологии
- Университетская клиника по заболеваниям уха, горла и носа
- Университетская клиника анестезии, общей интенсивной медицины и болевой терапии
- Университетская клиника психиатрии и психотерапии
- Университетская клиника по детским и юношеским заболеваниям
- Университетская клиника дерматологии
- Университетская клиника радиологии и ядерной медицины
- Университетская клиника радиотерапии
- Университетская клиника травматологии
- Университетская клиника ортопедии
- Университетская клиника урологии
- Университетская клиника нейрохирургии
- Университетская клиника челюстно-лицевой хирургии
- Университетская клиника экстренной медицины
- Университетская клиника неврологии
- Университетская клиника физиотерапии и реабилитации
- Университетская клиника детской и юнешеской психиатрии
- Университетская клиника психоанализа и психотерапии
- Университетская клиника офтальмологии и оптометрии
- Университетская клиника серологии и трансфузиологии
- Университетская клиника больничной гигиены и по контролю за инфекциями
- Университетская клиника клинической фармакологии
- Университетская стоматологическая клиника им. Бернарда-Готтлиба
Клинические институты
- Институт лабораторной медицины
- Институт патологии
- Институт неврологии
Центры
- Центр анатомии и цитологии
- Центр физиологии и фармакологии
- Центр общественного здравоохранения
- Центр изучения мозга
- Центр патобиохимии и генетики
- Центр патофизиологии, инфектологии и иммунологии
- Центр медицинской физики и биомедицинской техники
- Центр медицинской статистики, информатики и интеллигентных систем
Департаменты
- Департамент медицинской биохимии
- Департамент судебной медицины
- Департамент медицинского образования
- Департамент биомедицинских исследований
- Департамент вирусологии