Основное здание Венского аграрного университета, лекционные залы, центр агрономии, а также центр развития исследований находятся в 18 районе Вены, в Тюркеншанцпарке.

В районе улицы Мутгассе, рядом с вокзалом пригорода Вены Хайлигенштадт, в 19 районе города расположено большое количество департаментов/факультетов университета, лаборатории и центр водного хозяйства.

Венский аграрный университет имеет несколько зданий в округе Тульн: центр технологий и научно-исследовательский центр Тульна (IFA-Tulln), общежития, несколько факультетов. Здесь в апреле 2011 года было открыто два новых здания: факультет аграрных биотехнологий и университетский научно-исследовательский центр Тульна (UFT).

Следует также отметить, что с 1994 года Венский аграрный университет совместно с Венским техническим университетом и Венским ветеринарным университетом активно развивают межуниверситетский факультет аграрных биотехнологий, а университетский научно-исследовательский центр в Тульне является важным событием в истории развития Венского аграрного университета.